Jonathan Safran Foers Romane zeichnen sich durch ein Nebeneinander verschiedener Handlungsstränge und komplexe Erzählstrukturen aus. So erzählt der Autor in seinem ersten Roman die Geschichte eines jungen Amerikaners, der in die Ukraine reist um nach einer Frau namens Augustine zu suchen. Sie soll gegen Ende des 2. Weltkrieges seinen Großvater vor den Nazis gerettet haben. Parallel dazu wird die Geschichte des Ortes Trachimbrod, der Heimat seiner Familie, rekonstruiert, in dem 1942 bei einem Massaker etwa 1200 Juden ermordet wurden. 2005 wurde der Roman mit Elijah Wood in der Hauptrolle verfilmt.
Auch in Extrem laut und unglaublich nah verbindet Foer die Geschichte des kleinen Oskar Schell, der bei den Anschlägen vom 11. September seinen Vater verloren hat, mit der seiner deutschen Großeltern, die nach der Bombardierung Dresdens, gezeichnet von Trauer und Verlust, nach New York geflüchtet sind. Auch Extrem laut und unglaublich nah kam 2011 in die Kinos; Tom Hanks und Sandra Bullock spielten die Hauptrollen.
In seinem 2010 erschienen Sachbuch Tiere essen setzt sich Foer, ausgehend von seiner persönlichen Situation – der Geburt seines ersten Sohnes –, mit der Massentierhaltung und der industriellen Verarbeitung von Tierprodukten auseinander.
Neben klassischen Publikationen hat Jonathan Safran Foer bereits in einigen Veröffentlichungen seine Vorliebe für außergewöhnliche Projekte bewiesen. In seinem Buch Tree of Codes, das 2010 in den USA erschienen ist, kreierte er aus der Kurzgeschichtensammlung von Bruno Schulz, Street of Crocodiles, durch Auslassungen eine neue Erzählung.
Jonathan Safran Foers Romane sind vielfach ausgezeichnet worden. 2007 nahm ihn die Literaturzeitschrift Granta in die Liste der Best of Young American Novelists 2 auf. Im gleichen Jahr war er Stipendiat der American Academy in Berlin, wo er an The New American Haggadah arbeitete.